O pulso de inundação – períodos de cheia e seca – nos distintos ecossistemas pantaneiros sofrerá ainda maiores distorções, pois não estarão mais condicionados ao fluxo natural dos rios e sim às necessidades de produção de energia elétrica. Em caso de estiagem obviamente haverá retenção máxima de água para geração de energia. O funcionamento ecológico do Pantanal se modificará ainda mais.
O barramento, como é amplamente conhecido, impede a migração de peixes, processo biológico fundamental para a reprodução de inúmeras espécies;
A recomposição das pastagens nativas, base da pecuária regional, será prejudicada tanto por alterações no pulso como na retenção de nutrientes;
Cairá a produção pesqueira, afetando os pescadores artesanais e o turismo de pesca, atividades que mais geram trabalho e renda no Pantanal;
Todo o Sistema Paraguai Paraná de áreas úmidas, representado pela figura apresentada no inicio deste trabalho sofrerá consequências. Esta é a maior área úmida do mundo e distribui-se pelo Brasil (Pantanal), Bolívia, Paraguai, a Argentina e o Uruguai.