Na parte norte da bacia do rio Paraguai, as chuvas intensas fizeram com que 5 municípios que têm pelo menos parte de seu território na unidade ambiental decretassem emergência. São eles: Cuiabá, Chapada dos Guimarães, Nova Brasilândia, Arenápolis e Alto Paraguai.
O rio Cuiabá, em Cuiabá (MT), está com 5,51 metros, quase 4 metros acima do registrado no dia 21/1/2024. A represa do Manso, no rio do mesmo nome, está com afluência de 190 metros cúbicos por segundo e liberando o mesmo volume em direção ao Pantanal. O rio é um afluente do rio Cuiabá.
Em Cáceres (MT), no dia 21/1/25, o rio Paraguai alcançou 4,08 metros – 1,64 metros a mais que em 2024 na mesma data. Entre os dias 19 e 21/1/25, o rio subiu 28 centímetros. Estes dados ajudam a dimensionar o volume de chuvas na parte norte da Bacia.
Já na parte sul, os índices pluviométricos nas sub-bacias do rio Miranda – inclui o rio Aquidauana -, a do rio Taquari e rio Correntes, as principais dessa parte da bacia, estão mais baixos que na região norte.