A Ecoa junto a outras cinco organizações desenvolvem o projeto Ecorregiões, Conectadas, Conservadas, Sustentáveis (ECCOS), uma iniciativa transfronteiriça que se deu por meio da Zona de Integração do Centro Oeste Sul-Americano (ZICOSUR) e tem apoio da União Europeia. O projeto tem o objetivo fortalecer a governança das áreas de fronteira, as cadeias produtivas sustentáveis e também a criação de áreas protegidas.
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