O rio Madeira está ameaçado por grandes projetos de infra-estrutura relacionados ao Complexo Hidroelétrico e Hidroviário do Rio Madeira, projeto âncora da Iniciativa de Integração da Infra-estrutura Sul-americana (IIRSA). Este complexo inclui a construção, na Amazônia Brasileira, das hidrelétricas de Jirau e Santo Antônio, que juntas somariam 6.450 MW de potência instalada; de uma terceira hidrelétrica no trecho entre Abunã, no Brasil, e Guayaramerín, na Bolívia; e provavelmente, de uma quarta hidrelétrica na Cachoeira Esperanza, localizada no rio Beni,30 km acima da sua confluência com o rio Mamoré,no estado de Pando,na Bolívia.
A conclusão deste complexo de barramentos,com eclusas, viabilizaria a operação de uma hidrovia industrial para a navegação de barcaças, com extensão de 4.200 km, permitindo o escoamento de mercadorias,como soja,madeira e minerais,para fora da região amazônica,a partir dos portos do Atlântico e do Pacífico.Outros projetos de infra-estrutura de transporte planejados para a região e relacionados com a proposta logística da hidrovia, incluem a pavimentação da Rodovia Cuiabá-Santarém (BR-163), no Brasil; do Corredor Norte, na Bolívia; e da Rodovia Interoceânica,no Brasil e Peru.
A expansão da soja é uma das principais conseqüências desses projetos de infra-estrutura, o que pode levar à conversão de ecossistemas amazônicos pela expansão da fronteira agrícola sobre florestas, campos e savanas, em uma ecorregião identificada como um centro de diversidade e endemismo de espécies de plantas. Além do previsível avanço do desmatamento, estão em jogo também:a extinção e redução da diversidade de peixes, em uma área considerada como hotspot de ictiofauna; a acumulação de sedimentos e de mercúrio em níveis tóxicos nos reservatórios das barragens; e os impactos sobre as populações ribeirinhas,indígenas e urbanas.
A perspectiva de construção dos megaprojetos no rio Madeira já desencadeou graves conflitos políticos entre o Brasil e a Bolívia, críticas dos movimentos e organizações da sociedade civil dos dois países sobre a condução do processo de licenciamento ambiental pelo governo brasileiro,e a revelação do envolvimento de empresas acusadas de corrupção.
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