O rio Paraguai é o “canal” que drena toda a água que chega ao Pantanal de suas sub-bacias. Ele percorre basicamente a parte mais a oeste da planície, no sentido norte-sul. A declividade nesse sentido (norte-sul) é de 2,5 a 5 centímetros por quilômetro – a cada 100 km, a diferença de altitude fica entre 2,5 e 5 metros. Já no sentido leste-oeste, a declividade varia de 3 a 6 cm por quilômetro, dependendo das sub-regiões. Na região próxima à cidade de Corumbá (MS), localizada no extremo centro-oeste, por exemplo, a declividade é mais reduzida.
Na Comunidade Tradicional da Barra do rio São Lourenço, a altitude é de aproximadamente 93 metros, enquanto em Corumbá, a jusante, alcança 129 metros.
A baixa inclinação da planície faz com que as águas dos rios que drenam para a região percam velocidade, espalhem-se e favoreçam a sedimentação e a formação de áreas alagadas permanentes e temporárias.
