O Pantanal, segundo a publicação “Ecossistemas Brasileiros”, organizada em 2001 por Moacir Bueno Arruda e publicada pelo IBAMA, “funciona como um grande reservatório, provocando uma defasagem de até cinco meses entre as vazões de entrada e saída das águas.
A Embrapa Pantanal define o clima como quente e chuvoso no verão e ameno e seco no inverno, com precipitação anual de 1.000 a 1.400 mm, concentrada de dezembro a março. As águas são o recurso abiótico mais importante do Pantanal porque são responsáveis por suas características peculiares.
Nas regiões que circundam as morrarias da Serra e Maciço do Amolar, o clima é tropical sub-úmido com chuvas que variam de 800mm a 900mm ao ano. Este tipo de clima favorece condições para a sobrevivência de vegetação de clima seco, que prevalece na região por cerca de cinco meses. De um modo geral o clima na região é quente e úmido. No verão, ocorre a estação chuvosa e no inverno, a estiagem. Os meses mais chuvosos no Pantanal vão de dezembro a fevereiro e a época de seca ocorre de maio a setembro.
O regime de verão determina enchentes entre novembro e março, no Norte, e entre maio e agosto, no Sul. As variações, por estação do ano, das chuvas fazem da região um complexo único de lagos, baías e canais que, junto com as áreas permanentemente inundadas e rios, contêm uma rica fauna, incluindo mais de 260 espécies de peixes e mais de 600 espécies de aves.
