O estudo denominado Monitoramento das Alterações da Cobertura Vegetal e Uso do Solo na Bacia Alto Paraguai foi realizado por um consórcio de ONGs. O objetivo do estudo lançado em maio de 2010 foi fazer uma análise detalhada das mudanças de cobertura vegetal e uso do solo, ocorridas na Bacia do Alto Paraguai no período de 2002 a 2008.
O resultado do diagnóstico mostra que a planície inundável, onde está o Pantanal ainda está bem conservada, com 86,6% da sua cobertura vegetal natural. A situação é bem diferente na parte alta da bacia hidrográfica, onde apenas 41,8% da vegetação natural permanecem com sua formação original. O estudo também registrou um percentual maior de desmatamento no planalto da BAP. De 2002 a 2008, o lado brasileiro da BAP, onde está o Pantanal, teve uma perda de 4% de sua vegetação natural, contra 2,4% da planície.
O mapeamento apontou diferenças na ocupação do solo entre o planalto e a planície, onde está localizado o Pantanal. Enquanto o planalto caracteriza-se pela forte ocupação da agricultura e pecuária, na planície, a pecuária de caráter mais extensivo exerce menor pressão sobre a cobertura vegetal original.
Os dados de 2008 mostram que a pecuária é o uso antrópico (pela ação humana) mais representativo na BAP, respondendo por 11,1% da área antrópica da planície e por 43,5% da área antrópica do planalto. A agricultura, que ocorre em apenas 0,3% da planície, ocupa uma área de 9,9% do planalto.
