Organizações-membro da Rede Pantanal estão seriamente preocupadas com a possibilidade da implantação da Hidrovia Paraguai Paraná, que pode trazer sérias consequências para o pulso de inundação, principal responsável por manter as características peculiares do bioma Pantanal. Isso porque portos estão sendo licenciados no rio Paraguai, como por exemplo, o Terminal de uso Privado a Paraíso (Porto Esperança, Corumbá/MS) e o Terminal de uso Privado Paratudal (Cáceres/MT), sem mesmo ter sido feito ainda o licenciamento desta hidrovia.
A ONG Gaia, juntamente com o Comitê popular do rio Paraguai, Rede de Povos e Comunidades tradicionais Pantaneira, Grupo Pesquisação, Fórum Nacional da Sociedade Civil nos Comitês de Bacias Hidrográficas (FONASC-CBH) e Humedales sin fronteiras, estão com uma campanha com o objetivo de sensibilizar tomadores de decisão, como por exemplo, deputados e senadores de Mato Grosso com o tema, convidando a população a chamar atenção dos mesmos para a seca histórica que passamos, com os níveis dos rios mais baixos dede 1965. Estas organizações chamam a atenção para a necessidade de mais estudos para verificar a viabilidade deste empreendimento, bem como solicitam uma avaliação ambiental estratégica, que verifique os impactos cumulativos e sinérgicos destes portos.
Outra organização-membro da Rede Pantanal, que também está se movimentando e promovendo ações acerca do assunto é o Fonasc.CBH (Fórum Nacional da Sociedade Civil nos Comitês de Bacias Hidrográficas), que chamam atenção para o impacto das barcaças e das dragagens no rio Paraguai.
Os danos desta Hidrovia vão desde alteração no pulso de inundação, que irá impactar as fitofisionomias pantaneiras; poluição das águas do rio Paraguai; desmatamentos nas margens dos rios e até mesmo causar acidentes entre grandes embarcações e pescadores artesanais, impactando negativamente toda a pesca da região.
