A Ecoa atua localmente na Serra do Amolar também por causa de seu valor biológico e ambiental para a humanidade. As morrarias do Pantanal, por exemplo, além de registrarem a passagem de povos pré-históricos, apresentam os Relictos de Caatinga, citados na Teoria dos Refúgios, do geólogo Aziz Ab’Saber, como documentos vivos de uma vegetação semelhante à da Caatinga, que sobreviveram à Era do Gelo numa época em que o Pantanal tinha clima semi-árido. Isso ocorreu entre 13 mil e 23 mil anos atrás. Naquela época, o Pantanal tinha clima seco e sofreu um grande dilúvio. Os relictos resistiram às chuvas e ao aumento da umidade que transformou a região na maior área úmida continental de água doce do planeta.
A vegetação do maciço do Amolar apresenta uma diversidade de biomas: campos limpos de Cerrado, Cerradão, matas semi-decíduas e decíduas além de uma rica flora aquática nos rios, lagoas e áreas inundáveis. Essa heterogeneidade de ambientes certamente determinou a alta riqueza florística encontrada na região. Nas morrarias, existe o Bosque Seco Chiquitano, bioma predominantemente boliviano e há influências do Chaco através da presença do cacto Quiabentia verticillata (foto). Em 2005, foram registradas espécies da Amazônia.
Um levantamento preliminar realizado pela Ecoa e UFMS em 2005/2006 (Campus do Pantanal, Departamento de Ciências do Ambiente) comprovou a grande biodiversidade de fauna e flora existente na região, especialmente de aves e mamíferos. Os estudos também mostraram que, de um modo geral, os ambientes da Serra do Amolar estão em “bom estado de conservação.
“Contudo, algumas atividades como o trânsito de barcos” em ambientes de baías, podem estar colocando em risco populações locais de espécies dependentes desses habitats. “Programas de monitoramento das populações da fauna são indispensáveis para o conhecimento do status real das espécies na área”.
Além de espécies vegetais endêmicas, ou seja, que só ocorrem na Serra do Amolar, são encontras várias espécies da fauna ameaçadas de extinção na lista oficial brasileira, como a onça-pintada (Panthera onça palustris), onça-parda (Puma condolor), tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla), catita (Monodelphis kunsi), tatu canastra (Priodontes maximus) e ariranha (Pteronura brasiliensis).
